教堂的另外一個(gè)重點(diǎn)是彩色玻璃，在教堂內(nèi)的彩色玻璃都非常特別，用玻璃制作圖像臺(tái)凸顯出圣經(jīng)里的人物或是故事，如為基督教徒會(huì)被這里的彩色玻璃所吸引，在教堂內(nèi)部總共有56個(gè)玻璃窗，31個(gè)圓形的玫瑰圖案以及25個(gè)彩色幅彩色玻璃窗的精美圖案，但是在這56個(gè)玻璃窗只有4個(gè)是最完整無瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由當(dāng)?shù)刂鹘痰木用襁M(jìn)行一些整修，而這些彩色玻璃窗都是由法國(guó)沙特爾省的LorinFirm所制造。
因?yàn)榇蠼烫迷?642年英國(guó)內(nèi)戰(zhàn)期間遭受了破壞，當(dāng)時(shí)奧利弗·克倫威爾的士兵在整個(gè)建筑物內(nèi)橫沖直撞，打破了彩色玻璃窗。在后來的修復(fù)工作中，藝術(shù)家們采用隨機(jī)拼接的方式，將圖案拼湊在一起，形成馬賽克瓷磚一樣的視覺效果。
?古代埃及和羅馬人都擅長(zhǎng)制造小型的彩色玻璃制品。古代腓尼基在玻璃制造業(yè)中也占有重要地位，其中心產(chǎn)地是西頓和安條克等地。在公元4-5世紀(jì)的早期基督教教堂中，一些木質(zhì)窗框中鑲嵌有經(jīng)雕琢過的雪花石膏，類似玻璃般的效果。公元7世紀(jì)，英國(guó)的教堂和修道院已經(jīng)出現(xiàn)了彩繪玻璃窗。公元675年，圣本篤·波斯哥［］從法國(guó)引進(jìn)工匠，為在芒克威爾茅斯建造的圣彼得修道院窗戶進(jìn)行著色。公元8世紀(jì)以后，伊斯蘭世界的一些清真寺和公共空間也開始以彩色玻璃裝飾，基本以純粹的幾何設(shè)計(jì)為主，包含花卉和文字圖案，不表現(xiàn)人物形象和宗教偶像。
抗戰(zhàn)開始，國(guó)內(nèi)的經(jīng)濟(jì)形勢(shì)急轉(zhuǎn)直下，土山灣的業(yè)務(wù)也陷入了困境之中。為了維持孤兒院的運(yùn)作，土山灣各部門不斷拓展業(yè)務(wù)，甚至將其產(chǎn)品遠(yuǎn)銷至非洲各地。我們?cè)谕辽綖吵霭娴膹V告單頁中看到兩張為澳門教堂設(shè)計(jì)的彩繪玻璃圖樣，一幅是圣母圣誕主題，另一幅是耶穌圣誕主題。幾年前曾有機(jī)會(huì)親往澳門朝圣，果然在澳門的主教座堂和主教山海崖圣母堂中見到了這兩幅玻璃原物。
隨著禁令的毀滅浪潮席卷而來，傳統(tǒng)彩繪玻璃的技藝幾乎失傳，直到下一個(gè)世紀(jì)才被重新發(fā)現(xiàn)。19世紀(jì)初，英格蘭天主教復(fù)蘇，帶動(dòng)了中世紀(jì)教堂哥特式風(fēng)格的復(fù)興，約翰·羅斯金等人擁護(hù)“真正的天主教風(fēng)格”。許多古老的教堂得到恢復(fù)，也促進(jìn)了彩繪玻璃窗制作的復(fù)興。法國(guó)許多教堂在大革命期間也遭到了破壞，從1824年開始，法國(guó)瓷器制造商開始生產(chǎn)彩繪玻璃以適應(yīng)這個(gè)時(shí)代修復(fù)教堂的需求，有許多中世紀(jì)優(yōu)美的彩繪花窗得到了恢復(fù)。
英國(guó)哥特式教堂的高聳立面與玻璃設(shè)計(jì)相結(jié)合，風(fēng)格獨(dú)特而鮮明。而玫瑰窗從相對(duì)簡(jiǎn)單的窗戶發(fā)展而來，圓形的窗戶嵌入彩色玻璃繪畫，透光形式絢麗。彩繪玻璃花窗作為教堂采用的一種重要的布道方式，通過人物形象的描繪，向廣大識(shí)字率低的民眾傳達(dá)《圣經(jīng)》故事以及歷史傳奇。